Ook in 1999 breekt het CDU-partijfinancieringsschandaal uit. Uit onderzoek blijkt dat de partij onder leiding van Kohl een uitgebreid systeem van geheime rekeningen had waarop illegale partijgiften terecht kwamen. Op 26 november eist Schäuble dat de boekhouding van de partij door een onafhankelijk accountantskantoor doorgelicht zou worden. Wanneer Kohl op 30 november toegeeft dat er een parallel boekhoudsysteem bestaat, keert Schäuble zich, samen met Angela Merkel zich af van zijn vroeger sponsor Helmut Kohl, en eist volledige opklaring van de zaak. Schäuble blijft voorzitter tot 2000, wanneer hij zijn partij- en fractievoorzitterschap als gevolg van zijn verwikkeling in het schandaal niet meer kan voortzetten.

Op 10 januari 2000 geeft Schäuble toe dat hij in 1994 een gift van 100.000 DM (50.000 euro) in contanten van de wapenhandelaar Karlheinz Schreiber aangenomen heeft. Volgens zijn verklaringen zou hij deze som aan penningmeesteres Brigitte Baumeister overhandigd hebben. Baumeisters versie is anders: zij beweert de som van Schreiber ontvangen te hebben en aan Schäuble verder gegeven te hebben. Tevens verzekert hij Schreiber maar een keer gesproken te hebben. Op 31 januari geeft Schäuble dan toe, in tegenspraak met zijn vroegere verklaringen, Schreiber ook in 1995 ontmoet te hebben. Schäubles geloofwaardigheid komt in het gedrang, en op 16 februari verklaart hij niet langer voor het partij- en fractievoorzitterschap ter beschikking te staan.

Op 29 februari 2000 wordt Friedrich Merz tot nieuwe fractievoorzitter gekozen, op 10 april volgt Angela Merkel hem op als partijvoorzitter. Schäuble blijft echter lid van het nationale bestuur van de partij.

In een televisie-uitzending van 6 april met als titel "Schäubles Fall: Innenansicht einer Affäre" bestempelt hij zichzelf als slachtoffer van een intrige vol criminele elementen. Op 13 april 2000 verschijnt Schäuble voor het parlementscomité dat het schandaal onderzoekt. Onder eed stelt hij er nogmaals dat noch CDU, noch de regering onder Helmut Kohl omkoopbaar waren. Bovendien herhaalde hij zijn verklaringen aangaande de gift van 100.000 DM die hij van Karlheinz Schreiber ontvangen zou hebben. Het blijft dus bij zijn woord tegen dat van Brigitte Baumeister. In juni zal Schreiber om deze verklaring een klacht wegens meineed tegen Schäuble indienen.